Les principaux organes de la décision de l’UEAC sont :
 la Conférence des chefs d’Etat,
 le Conseil des Ministres de l’UEAC,
 le Comité Inter Etat,
 l’Organe Exécutif de l’UEAC.

La Conférence des chefs d’Etat est l’instance suprême de la Communauté ; elle décide par voie d’Actes additionnels à la Convention et par consensus. Le Conseil des Ministres assure la direction de l’Union Economique ; il adopte des règlements, des directives, prend des décisions et formule des recommandations et des avis ; il est composé de trois représentants des Etats membres, comprenant les Ministres en charge des Finances et de l’Economie ; chaque délégation nationale ne peut comporter plus de trois Ministres et ne dispose que d’une voix.

Le Comité Inter Etat prépare les délibérations du Conseil des Ministres, notamment en examinant et en donnant son avis sur les propositions inscrites à l’ordre du jour du Conseil. Il est composé d’un représentant titulaire et d’un représentant suppléant désignés par chaque Etat membre pour un mandat de trois ans ; en tant que de besoin, il peut faire appel à des experts choisis en raison de leur compétence. L’Union Economique est placée sous l’autorité du Secrétaire Exécutif chargé de son animation ; il arrête des règlements d’application, prend des décisions formule des recommandations et des avis ; il exécute des actes pris par le Conseil des Ministres et veille à l’application, par les Etats membres ou leurs ressortissants, des dispositions de la Convention régissant l’UEAC et des actes pris par les organes de cette Institution.

Les organes de décision de l’Union Economique et les institutions spécialisées de celle-ci détiennent l’essentiel du pouvoir normatif de l’Union. Dans l’exercice de ce pouvoir ils édictent des « prescriptions minimales et des réglementations cadres » qu’il appartient aux Etats membres de compléter en tant que de besoin.

Le contenu et la nature de l’acte envisagé se limite à ce qui est approprié et nécessaire « pour la réalisation des objectifs » de la Communauté. Si la règle contraignante s’avère indispensable, ce contenu ne doit pas se traduire par un excès de règlement, la préférence devant être accordée, à efficacité égale, à l’acte qui laisse plus de liberté aux Etats membres, aux particuliers ou aux entreprises si le choix est permis entre plusieurs modes d’action. Dans ce processus normatif, c’est le Secrétaire Exécutif qui initie les actes juridiques communautaires à soumettre, assortis de l’avis du Comité Inter Etat, à l’adoption de la Conférence des Chefs d’Etat ou du Conseil des Ministres [1].

Le Conseil des Ministres s’efforce d’aboutir à un consensus sur les décisions à prendre. Mais si le consensus n’est pas réalisable, il procède à un vote acquis, soit à la majorité simple des membres qui le composent, soit à la majorité qualifiée de cinq sixièmes de ses membres, chaque Etat membre ne disposant que d’une voix ; les abstentions des membres du Conseil présents ne sont pas prises en considération lorsque l’unanimité est requise. Dans l’intervalle des réunions du Conseil des Ministres et en cas d’urgence une procédure écrite de consultation à domicile peut être mise en oeuvre par son Président.

La Convention régissant l’UEAC a choisi ainsi de rompre avec la règle traditionnelle du droit international suivant laquelle l’égalité souveraine des Etats ne peut s’accommoder que de la procédure de vote à l’unanimité. Mais elle n’autorise pas la pondération des voix, en fonction du poids démographique ou économique de chaque Etat membre.